نهایه الحکمه
تعلیقه‌های متعدد استاد امینی‌نژاد بر کتاب که به زبان فارسی بوده و ادامه سنت تعلیقه‌نگاری در حوزه‌های علمیه است، کارکردهای متنوعی دارند؛ برخی در حل ابهامات و دشواره‌های متنی راهگشا هستند و برخی به تبیین فنی و دقیق مسائل محوری و برخی به تاملات در بیانات علامه پرداخته و بعضی نیز سیر تاریخی مباحث را مطرح کرده‌اند.
رهبانیت متعالی اسلامی
بدایه الحکمه
این کتاب در دو بخش مقدمه (تمهیدات؛ دربارۀ فلسفه اسلامی) و تعلیقات فارسی بر بدایه الحکمه سامان داده شده است که محصول چندین دوره تدریس کتاب بدایه الحکمه توسط حضرت استاد امینی‌نژاد بوده است.
استاد امینی نژاد همزمان با چاپ دوم این اثر، ویراست جدیدی را بر این اثر افزوده اند. لازم به ذکر است باتوجه اتمام جلد ۱ از چاپ دوم کتاب بدایةالحکمه، تعدادی از چاپ اول این محصول جهت فروش آماده توزیع می‌باشد.
تکمله نهایه الحکمه
کتاب «تکمله نهایه الحکمه فی النفس و ملحقاتها» به قلم استاد علی امینی نژاد تلاش می کند مباحث اصلی و محوری در حوزه نفس شناسی فلسفی و معاد را که در کتاب شریف «نهایه الحکمه» علامه طباطبایی پرداخته نشده بود، بر اساس آثار فیلسوفان مسلمان و به ویژه ملاصدرا با قلمی روان و متناسب با سطح کتاب نهایه الحکمه به رشته تحریر درآورد.